Escrito que el Doctor Navarro presento a S.M. en nombre del arzobispo de Toledo, Carranza; El sobre n.3, contiene un cuadernillo titulado "Papeles Varios y Curiosos"; y el sobre 11, otro cuadernillo, es sobre el Consilium Cardenalium, de la suma de Carranza.

Contiene:

• Tomo I-a: copia de documentos sueltos de los años 1542, 1551 y 1558-1559. Destacan: Sentencia contra Francisco de San Román (23/04/1542), cartas de Carranza a Valdés y al presidente y oidores de la Inquisición, a Fray Luis de la Cruz; Deposición del obispo de Cuenca; Cartas de Fr. Mancio a Carranza y a Valdés… Son en total 31 documentos.
• Tomo I-b: es un tomo que llevaba en restos de una carpeta vieja, desechada,”Carranza, tomo 1º, (32)”. Es un tomo incompleto, que comienza en el folio 151, correspondiendo al final del folio 253 y comienzo del 254, indicado al margen derecho, de la fuente documental y termina en el folio 311, correspondiente al 528 de la fuente. Primera fecha: Valladolid, 04/09/1559 y finaliza en Valladolid, 22/05/1560.

Contiene:

• Tomo II-a: copia de documentos sueltos, de los años: 1539 a 1559. Destacan: Licencia del Cardenal Francisco Quiñones al Maestro Bartolomé de Miranda para tener y leer libros luteranos y otros (Roma, 23/05/1539); intento para que Francisco de S. Román abjure de sus errores (1542) y data del encarcelamiento de Fr. Domingo de Rojas, O.P. y otros (1558); cartas de Carranza y Fr. Domingo de Soto (1558-1559); el fiscal Luis Ramírez pide que se examinen el catecismo de Carranza, las obras de Dr. Constantino y de fray Luis de Granada (14/11/1558); Calificación del Catecismo de Carranza por Fr. Domingo de Soto, 12/01/1559 (doc. 10, pp. 36, hay 2 ejem.). Son en total 14 documentos.
• Tomo II-b, 1ª parte. Elaborado cronológicamente, por el P. Justo Cuervo, se numera por folios de 1 al 580, y corresponde, según la agenda, a los folios 1 al 587, de la fuente de la que se copian los documentos. Comienza con el Breve del papa Pío IV al arzobispo de Sevilla, Fernando Valdés, Roma, 23/02/1560 y termina con la presentación de las respuestas a las acusaciones contra Carranza, en Valladolid, 02/03/1563, por el mismo arzobispo, el Doctor Navarro, Morales y otros. Hay al principio una cuartilla, que pudiera ser del P. Álvaro Huerga; y al final un folio antiguo con una cita de S. Pablo, II cor. II, 16-17 en griego y castellano (¿sería como el lema de todo el Proceso?).

Contiene:

• Tomo II-b, 2ª parte: en portada interior: En la villa de Valladolid a ocho días del mes de marzo de mil e quinientos e sesenta e tres, ante los señores. Se enumera por folios, desde el 581 hasta el 981, y la referencia a los folios copias de las fuentes (agenda), comienza en el f. 588 y termina en el f. 1002. A continuación, en letra del P. Cuervo y nueva numeración, se encuentra la respuesta de Carranza a los cargos presentados por el fiscal, del 09/04/1563, que ocupa los ff. 1 al 109, teniendo en cuenta que al f. 7 hay que añadir 7º 1-12, colocados entre el 12 – 13. En la agenda índice esta parte ocupa los folios copiados de las fuentes del f. 1015 al f. 1124 y f. 1127 donde el secretario Sebastián de Landeta, dice que hizo esta copia en Madrid, a 10/02/1567. Destacan: Breve del papa Pío IV prorrogando la causa de Carranza; nombramiento y aceptación de jueces subdelegados: calificación de los cartapacios y las acusaciones del fiscal basadas en dichos cartapacios. Respuestas de Carranza a las acusaciones; sobre la aprobación o no del Catecismo por Trento; pareceres de Fr. Chaves, Vadillo y otros; carta de Carranza al papa; petición de Carranza a los jueces….
• Tomo III (no han llegado a nosotros documentos sueltos). Se trata de un tomo semielaborado, ordenado cronológicamente, en copia cuidada de los documentos. Está numerado por pliegos del 1 al 308. Según la agenda-índice, los folios copiados de las fuentes son 514 (ya que las enmiendas ocupan los ff. 509-514), y en este tomo, cuando se señala el folio de la fuente, que no siempre se hace, está en la parte superior, al centro, y a los márgenes. izquierdos. El primero que pone es “fol. 5”. El arco cronológico es: Valladolid, 25/05/1563 - Madrid, 10/04/1564.