El cuadernillo del Doctor Navarro, datado en Valladolid,1565, tiene dos partes claras: una es lo que dice al rey Felipe II en nombre del arzobispo Carranza, que consta de 8 puntos, en la que el arzobispos se considera agraviado por cómo se le ha tratado, en su persona y en el juicio, contra todo derecho divino y humano, y cómo se dilata el proceso, que lo que podía decir en 15 capítulos está haciendo en más de 400, y que le decían que era porque el rey lo pedía así. Al final le da las gracias al rey porque si no estuviera en el proceso, visto lo visto, los agravios serían muchos y más insufribles. La segunda parte es la que Martín Azpilicueta dice al rey en nombre propio. Son hasta 10 punto, que puede resumirse en que los que aconsejan a Felipe II que el proceso se traiga a España "pueden tener buen celo, pero no buen parecer".
El segundo cuadernillo, de autor anónimo, que ocupa los ff. 254 - 267, lleva por título en una tapa anterior al f. 1: "Summa Capitulorum", e interiormente se señalan 11 capítulos, que enunciamos: Cap. 1º ,"Del fundamento que el arzobispo de Sevilla tubo para prender al arzobispo de Toledo." Cap. 2, " de la captura del arzobispo de Toledo y recurso del obispo de Sevilla." Cap. 3º, De los juezes árbitros y sentencia del recurso." Cap. 4º, "De la apelaçion del arzobispo de Sevilla y nombramientos." Cap. 5º, "Acusación de testigos." Cap. 6º, "Acusación de Santos." Cap. 7º, "Agravios." Cap. 8, "Causas de delaçion." Cap. 9º, "Tratos." Cap. Xº , "De cómo el Cardenal Bon [Compagno] vino a España y el arzobispo de Toledo fue a Roma." Cap. XIº, "De las personas que se hallaron a la Vista del proceso." El cuadernillo tiene bastante correcciones y aclaraciones y sin duda es una resumen de la Summa Capitulorum, hecho por una persona y para una persona favorables a la causa del arzobispo Carranza. Está firmado por G. Muñoz

Comienza, como se ha dicho, con un índice s/n, de 2 pp. Y contiene como extractos o resúmenes los apartados siguientes:

• Papel curioso del P. Maestro Fr. Melchor Cano, o censura y parecer que dio contra el Instituto de los PP. Jesuitas, pp. 1- 11.
• En dicha p 11 se recoge el texto de la Fr. Juan de la Cruz, en su Crónica de la O.P., lib. 5, cap. 13 con noticias de Cano: renuncia al obispado de Canarias, elección de Provincial y muerte, pp.11-12.
• Monitorio contra Melchor Cano (Latín), sobre la predicación del Anticristo y contra la autoridad de los sumos pontífices, en aprobar ordenes regulares y sobre el cobro de algunos los frutos por parte del emperador. El autor de este cuaderno da su opinión en estos puntos, viendo en ello la repulsa del papa a la elección de Cano como provincial (esta parte está en lengua española), pp. 13-17.
• Las pp. 18-32, las dedica este autor a dar "Breve noticia de los ejercicios del arzobispo de Toledo D. Fr. Bartolomé Carranza, antes de ser arzobispo, su elección y borrasca que luego se levantó contra él; sus quejas del Maestro Cano, contestación de éste, prisión del arzobispo y buena opinión que tuvo de Cano el rey Felipe segundo." Incluye la carta de Carranza a los definidores del capítulo provincial de Segovia, 1559, con las quejas que tenía contra Cano. Incluye también la carta de Cano a Fr. Bernardo de Fresneda, confesor de Felipe II, defendiéndose de las quejas de Carranza. La prisión de Carranza la justifica el Inquisidor General, D. Fernando de Valdés, arzobispo de Sevilla, en carta a Felipe II. Copia también una carta del P. Maestro Fr. Melchor Cano a S.M., de Valladolid,16/07/1559. Incluye las "Imperfecciones que de sí mismo escribió Cano a Felipe II cuando lo quiso nombrar como su confesor" (según se dice en el papel de que éste es copia. Más algo dudoso parece). En español.
• Las pp. 35-46, las dedica a " Copia de un capítulo de una carta del Doctor Navarro a favor del arzobispo de Toledo D. Fr. Bartolomé de Carranza." Está escrita después de la sentencia definitiva; es un canto a la victoria del arzobispo contra sus enemigos, muy, muy triunfalista. Y por ello recoge la "Respuesta a este capítulo, culpando al Dr. Navarro porque habla tan en favor del arzobispo". Es un escrito terrorífico contra el gran Dr. Martín Azpilicueta, Navarro. El autor de semejante escrito (que para el autor de este cuaderno [un anónimo dominico] es D. Diego de Simancas, natural de Córdoba, obispo de Ciudad Rodrigo, Badajoz y últimamente de Zamora, "pues es él mismo quien dice ser el autor de estas notas contra el Dr. Navarro), se muestra despiadado, le culpa de todo; donde Navarro pone victoria, este pone derrota, se ríe del venerable doctor, e incluso lo culpa de ser el causante de la muerte de Carranza. Todo en español-
• Las pp. 47-62 las dedica a un "Extracto de la vida y sucesos prósperos y adversos de D. Bartolomé de Carranza y Miranda, arzobispo de Toledo, primado de las España, chanciller mayor de Castilla, que escribió el Dr. Salazar de Mendoza, canónigo penitenciario de la misma Santa Iglesia de Toledo, y se conserva MS. en el archivo de la citada Iglesia."
• Desde la p. 65 al final, el escrito toca varios temas: la actuación del Inquisidor General, D. Francisco Pérez de Prado y Cuesta, S.J., con libros del cardenal de Noris, que provocó una carta del papa Benedicto XIV, que se transcribe. Hay también defensa de Santo Tomás y su doctrina. Última fecha indicada, 23/02/1760.