- FondoA - Fondo A (Antiguo)
- SubfondoB - Legajos
- SecciónALt - Colegio de Santo Tomás de Alcalá de Henares (1562-1835)
- Uni.doc. comp.1 - Historia de la fundación del insigne Colegio de Santo Tomás de Alcalá de Henares y de los señalados hijos que ha tenido así en letras como en virtud.
- Uni.doc. comp.2 - Pergaminos del Colegio de Santo Tomás de Alcalá de Henares (1603 y 1662)
- Uni.doc. comp.3 - Documentos del Colegio de Santo Tomás de Alcalá de Henares (1562 y 1605)
- Uni.doc. comp.4 - Documentos del Colegio de Santo Tomás de Alcalá de Henares (1605-1778)