Estos estatutos se redactaron en Valladolid, ante el presidente de la R. Audiencia, D. Miguel Muñoz, obispo de Cuenca y otros licenciados, y testamentarios del fundador D. Rodrigo de Mercado, ante Domingo de Murueta, escribano (sin señalar la fecha). A partir de la hoja 35, como se ha indicado, se copia la aceptación y juramento de estos estatutos por la autoridades del Colegio de Oñate, el rector D. Sebastián Lertaun, maestros, consiliarios y colegiales, ante el maestro Lope de Alquiza, que es quien fue a Valladolid y trajo los dichos estatutos, el 30/12/1552, siendo el escribano y notario del Colegio, Juan López de Galarza. Se copian, también, sesiones del Claustro del Colegio, con aportaciones o modificaciones del texto primero sobre el que se determinan varias cuestiones: número de colegiales, sobre opositores a otras universidades, distribución de colegiales entre provincias vascas, y reinos de Castilla, León, Aragón y Navarra. Estos claustros se celebraron desde el 16/12/1550 hasta el 28/04/1555.
Son 87 estatutos, escritos en latín, lo mismo que los mandatos añadidos o corregidos. Solo se escriben en castellano las hojas 35-37r. Al final está la firma del licenciado Pedro Llorente, notario apostólico, pero sin signo.